parasiteR: el software libre con firma santafesina que ordena el análisis de parásitos

Tres investigadores argentinos publicaron parasiteR, un paquete de software libre que ordena una tarea que hasta ahora cada laboratorio resolvía como podía: analizar cuántos parásitos tiene una población de animales. Está disponible para cualquiera en CRAN, el repositorio oficial del lenguaje R, y el trabajo que lo respalda salió publicado este mes en la revista Ecological Modelling.

Uno de sus autores, Exequiel Oscar Furlan, trabaja en Santa Fe entre el Instituto de Ciencias Veterinarias del Litoral (ICIVET) y el Instituto Nacional de Limnología (INALI), ambos de CONICET y la UNL. Lo acompañan Juan Manuel Cabrera, del Instituto de Biotecnología y Biología Molecular (IBB, UNER-CONICET) en Entre Ríos y responsable del mantenimiento del paquete, y Elisa Helman, del Laboratorio de Análisis e Investigación en Parasitología Animal (LAINPA) de la UNLP.

Qué resuelve exactamente

Contar parásitos es más difícil de lo que suena. Los datos que salen de un muestreo son lo que en estadística se llama agregados: la mayoría de los animales no tiene ninguno y unos pocos concentran casi toda la carga. Esa distribución desbalanceada, llena de ceros, rompe las herramientas estadísticas de uso corriente y obliga a cada equipo a improvisar sus propios cálculos.

parasiteR unifica eso en un solo lugar. Calcula los índices que la disciplina usa a diario —prevalencia, abundancia, intensidad, grado de agregación— junto con sus medidas de dispersión, y genera las tablas y los gráficos correspondientes de forma reproducible. Es decir: dos laboratorios distintos, con el mismo dato, llegan al mismo número.

El paquete va por la versión 1.1.1, está publicado bajo licencia GPL y funciona sobre R 4.1.0 o superior. Descargarlo no cuesta nada y no depende de ninguna suscripción.

La línea que quedó escrita en el paper

Los autores contaron que la herramienta no nació de un plan sino de la práctica: «parasiteR surgió a partir de necesidades que encontrábamos al trabajar con nuestros propios datos», explicaron. Y sobre el resultado: «Nos enorgullece muchísimo haber podido desarrollar parasiteR y que hoy el paquete esté disponible para toda la comunidad».

Pero hay una frase más, y no está en la parte científica del trabajo sino en el apartado de financiamiento. Ahí los tres dejaron asentado que la investigación se hizo «durante un período de profunda crisis financiera e institucional del sistema científico argentino».

Por qué mirarlo desde acá

Esa aclaración no es decorativa. En el CCT Santa Fe vienen advirtiendo hace meses por el deterioro del sistema: bajas de personal, salarios corridos por la inflación y presupuesto en mínimos históricos. parasiteR es lo que sigue produciéndose igual, en ese contexto, y encima se regala: sale de institutos santafesinos y entrerrianos, se publica en el repositorio internacional que usan los usuarios de R en todo el mundo y queda libre para cualquier laboratorio del planeta.

Es una forma poco ruidosa de exportar conocimiento. No hay ronda de inversión ni anuncio: hay tres personas que necesitaban una herramienta, la escribieron bien y la dejaron abierta.

Fuente: CONICET Santa Fe y CRAN. Foto: CONICET Santa Fe.